Türkiye Cumhuriyetinin kuruluşunda önemli bir rolü olan Bandırma Vapuru, 1878'de İskoçya'da inşa edildi. Zamanla birkaç kez el değiştiren vapur, 1894'de "Panderma" adıyla Osmanlı Devleti'nin kontrolündeki denizlerinde yük ve yolcu taşımaya başladı. Osmanlı Seyrüsefain İdaresince 28 Ekim 1910'da adı "Bandırma" olarak değiştirildi ve posta vapuru haline getirilerek hizmete alındı. Vapur, Mondros Mütarekesinden sonra bölgedeki asayişin sağlaması için 30 Nisan 1919'da 9. Ordu Müfettişi olarak görevlendirilen Mustafa Kemal ve silah arkadaşları için de adeta kurtuluşun anahtarı oldu. Mevcut ve onarıma muhtaç olan gemiler Almanya'ya bakım amacıyla gönderilmişti. Bu nedenle Mustafa Kemal Paşa ve silah arkadaşlarını Samsun'a götürmek için eldeki olanaklara uyularak Bandırma Vapuru ayrıldı.
O dönemde 41 yaşında olan ve sadece Marmara Denizi'nde çalışabilen Bandırma Vapuru'nun, Karadeniz'in hırçın dalgalarına dayanma gücü oldukça azdı. Ancak bu Mustafa Kemal Paşa için engel değildi. Zorlu şartlara rağmen Paşa, yanına bir ulusun kaderini değiştirecek 22 kurmay subay ve 25 erbaşı alarak 16 Mayıs 1919'da Samsun'a hareket etti. Paşa ve silah arkadaşları, 3 günlük yolculuğun ardından puslu bir pazartesi günü Samsun sahiline demir attı ve kurtuluş yolundaki ilk adımı başlattı. Türkiye Cumhuriyeti'nin kuruluşunda bu denli büyük rol oynayan gemi ise 1924'de hizmet dışı bırakıldı. 1999 yılında dönemin Samsun Valisi Metin İlyas Aksoy tarafından alınan kararla Samsun Büyükşehir Belediyesi ve Samsun İl Özel İdaresi tarafından şu an bulunduğu yerde 300 günde aslına uygun biçimde inşa edildi. 2003 yılında Samsun Valiliği tarafından halkın hizmetine açıldı ve 2005 yılından itibaren tüm hakları Samsun Büyükşehir Belediyesine devredildi. SBB tarafından 10 aylık çalışma sonucunda Müze çevre düzenlemesi yapıldı. 2005 yılından itibaren SBB Kültür ve Sosyal İşler Dairesi Başkanlığı tarafından müze olarak işletilmektedir.