Beni Kaynuka Yahudileri, Medine‘nin çevresinde oturuyorlardı. Medineye yapılan bir saldırı sırasında çok tehlikeli olabilirlerdi. Yapılan antlaşmaya göre, dışardan gelen bir saldırıya karşı Müslümanlarla birlikte Medine‘yi savunacaklardı. Fakat bu kabile Bedir savaşında antlaşma gereği Müslümanlara yardım edeceklerine, antlaşmayı ihlal ederek Mekkelileri destekledirler. Sonra da bu tavırlarına karşılık pişmanlık duymayıp meydan okudular. Bunun üzerine Peygamberimiz bu kabileyi onbeş gün boyunca kuşattı. Beni Kaynuka, teslim olmayı ve Medine‘den çıkmayı kabul ettiler.
Beni Nadir Yahudileri; bu kabile de Kureyş‘le ittifak halindeydiler. Bu tavırlarını Uhut savaşından sonra da iyice artırdılar. Bir Cumartesi günü Peygamberimiz, Amr b. Ümeyye ed-Damri‘nin Kelb kabilesinden öldürdüğü bir kişinin diyetini ödemesine yardım etmelerini söylemek için Beni Nadir‘e geldi. Onlar, bu durumdan yararlanarak Peygamberi öldürmeyi tasarladılar. Fakat, Cebrail gelerek Peygamberimize durumu bildirdi. Yahudilerin bu suikast girişimi başarısız oldu. Bu olay üzerine Peygamberimiz, onlardan Medine‘yi terk etmelerini istedi. Kabul edilmeyince kabile kuşatıldı. Onbeş gün sonra Medine‘yi terk etmek zorunda kaldılar. Hayber‘e geldiler. Kureyş‘i Medine‘ye karşı kışkırttılar. Hatta Kureyş putperestliğinin Müslümanlıktan daha iyi olduğunu iddia ettiler. Kur‘an bu durumu şöyle anlatır. "Kendilerine kitaptan bir pay verileni görmedin mi? Puta ve batıla inanıyorlar ve inkar edenlere, bunlar inananlardan daha doğru yoldur." diyorlar. (4:51)
Beni Kureyza Yahudileri; Medine sınırları içerisinde yaşıyorlardı. Hendek savaşında müşriklerin safına geçtiler. Gönderilen barış heyetine de hakaretler yağdırdılar. Hendek savaşından sonra Beni Kureyza 25 günlük bir muhasaradan sonra teslim oldu. Hükümlerini de eski müttefikleri Sa‘d b. Muaz verdi. Çünkü Yahudiler, eski dostları olan Sa‘d‘ın kendileri hakkında karar vermesini istemişlerdi. Onlar eğer peygamberimizin merhametine sığınsalardı sadece Medine‘yi boşaltmakla yetineceklerdi. Fakat onlar Sa‘d‘ın kendileri lehine bir karar vereceğini umduklarından onun hakemliğini kabul ettiler. Sa‘d ise onlara Tevrat‘a göre mi yoksa Kur‘ana göre mi hüküm vereyim? diye sordu. Onlar da Tevrat‘a göre deyince Sa‘d tevrata göre hükmünü verdi. Buna göre; Savaşçılarını öldürülmesi, kadın ve çocukların esir edilmesi, malların Müslümanlar arasında bölüştürülmesi kararını verdi. Böylece Medine; bütün Yahudi kabilelerinden arındırılmış ve sadece Müslümanların yaşadığı bir kent haline gelmiş oldu.
Hayber Yahudileri; Hayber, Medine‘nin kuzeyinde ve Şam ticaret yolu üzerinde bulunuyordu. Medine‘den atılan Yahudi kabileleri de buraya yerleştiler ve Medine‘nin Şam ticaret yolunu baltalamaya başladılar. Bu durum Medine için büyük bir ekonomik sıkıntı yaratmaya başlamıştı. Şam ticaret yolunun denetimi Yahudilerin eline geçmişti. Medine‘den atılan Beni Nadir; Hayber‘e yerleşmişti. Burada müşriklerle Medine‘ye karşı dostluk kuruyor Gatafan, Havazin ve Kureyş‘e mektup yazıp kışkırtıyordu. Onların bu faaliyetleri Hendek (Ahzap) savaşına neden oldu. Peygamberimiz, Mekke ile yaptığı Hudeybiye barışından sonra bu fitne yuvasını ortadan kaldırmak amacıyla buraya bir sefer düzenledi. Müslümanların ilk fetih hareketidir. Yapılan kuşatma sonucu Hayber teslim olmak zorunda kaldı. Peygamberimiz Hayberi alınca buradaki Yahudileri haraç vergisi ödemeleri şartıyla burada bıraktı. Bu olay, Peygamberimizin hoşgörülü ve insancıl özelliğini vurgulamaktadır.
Yahudilerin geçmişi; Hz. İbrâhim, Hz. İshak ve Hz. Yâkub’a dayanmaktadır. Yahudi şeriatının temel ilkelerini ise, Hz. Musa’ya verilen “On Emir” oluşturmuştur. Hz. Musa’dan sonra ise İsrâiloğulları, en parlak devrini Hz. Süleyman döneminde yaşamıştır. Kudüs’e yerleşmişler ve orada mâbet inşâ etmişlerdir. Büyük İskender’in istilâsından sonra ise birkaç Yahudi kabilesinin Filistin’den çıkarak Arabistan’ın değişik yerlerine göç ettiği bilinmektedir. Özellikle Yesrib(Medine), Yahudilerin yoğun olarak geldiği bir şehir olmuştur. Yahudilerin Medine’ye yerleşmelerinden sonra Araplardan hem dini hem sosyal açıdan etkilendikleri bir gerçektir. Hicretten sonra Peygamber Efendimizin talebi üzerine aralarında anlaşma yapılmış, ancak onlar; barış ve kardeşlik içerisinde Müslümanlarla yaşamayı değil, ihaneti tercih ettikleri için Medine’yi terk etmek zorunda kalmışlardır.